Národní přírodní památky
KAPROUN (2,9177 ha) - rašelinná louka nad malým rybníčkem - společenstvo lučního rašeliniště a bezkolencových luk se zbytkovou populací kriticky ohroženého prstnatce Traunseinerova a chráněného leknínu bělostného, jedna ze 3 lokalit tohoto druhu v České republice. Louka se nachází 0,8 km severovýchodně od obce Kaproun.
KRVAVÝ a KAČLEŽSKÝ rybník - Kvůli ochraně pobřežní zóny rybníků, vzájemně propojených mokřadů a ptačích hnízdišť byla oblast chráněna jako národní přírodní památku
VIZÍR - Oblast rybníku a jeho nejbližšího okolí je významná výskytem řady vzácných a chráněných druhů rostlin i živočichů. Patří sem například rosnatka prostřední, bublinatka bledožlutá či suchopýr úzkolistý, resp. potápka, čáp černý či vydra říční.
ZHEJRAL - Předmětem ochrany jsou zde rozsáhlé vodní a mokřadní ekosystémy v okolí rybníků Zhejral a Krahov. Dále přilehlé louky, pastviny, rašeliniště a vřesoviště a také několik vzácných a ohrožených druhů rostlin i živočichů.
STARÁ a NOVÁ řeka - Národní přírodní rezervace chrání původní koryto řeky Lužnice s meandry a slepými rameny s okolní nivou. Koryta s vodou lemují olšiny, dřeviny měkkého i tvrdého luhu a rákosiny s vysokými ostřicemi. V rezervaci se nachází Novořecká hráz s velkým množstvím chráněných staletých dubů a lip. Z živočichů je chráněn především ohrožený druh klínatky rohaté, páchníka hnědého nebo tesaříka obrovského, piskoře pruhovaného a kuňky obecné
